В 1988 году кафедру возглавил профессор А.Г. Бебуришвили. С его приходом кафедра приобрела клиническую направленность. Занятия со студентами по оперативной хирургии проводились на базе хирургического стационара. Научные исследования направлены на изучение грудного протока, хирургическое лечение портальной гипертензии, малоинвазивную хирургию.
С 1992 года кафедрой руководит профессор А.А. Воробьев. Следуя лучшим традициям кафедры, профессор А.А. Воробьев делает акцент на учебно-методической и учебно-воспитательной работе со студентами, наглядность в учебном процессе, на дальнейшее развитие экспериментального направления. В научных исследованиях его поддерживает коллектив, состоящий из высокопрофессиональных, деловых и инициативных сотрудников. Разрабатываются новые учебные методические руководства и пособия. Кафедра приобретает современное оборудование и в настоящее время имеет все необходимое для успешного учебного процесса как в теоретическом, так и в практическом плане: учебные электрифицированные стенды, компьютерный класс, музей хирургических инструментов, секционный зал, виварий и операционный блок, состоящий из двух операционных.
На кафедре создана и постоянно пополняется видеотека. Кроме того, ежегодно для стимулирования успеваемости по предмету проводится конкурс на звание лучшего студента на факультете. Научные исследования имеют четкую практическую направленность. Это - хирургическая анатомия оперированного живота, изучение спаечного процесса, разработка новых методов профилактики спаек брюшной полости, изучение раневого процесса, выбор оптимальных методов лечения ран. Впереди новые планы и уверенность в их осуществлении.