Кафедра фармацевтической и токсикологической химии была образована в ноябре 2002 года на базе одноименных курсов при кафедре общей и биоорганической химии (заведующий кафедрой – доктор химических наук, профессор А.К. Брель). Заведующим кафедрой был назначен докторр химических наук, профессор А.А. Озеров. Подготовка обучающихся на кафедре проводилась по двум предметам: «фармацевтическая химия» и «токсикологическая химия».
С 2013 года в программу введен курс «фармацевтический анализ лекарственных препаратов для лечения инфекционных заболеваний». В 2024 году кафедра фармацевтической и токсикологической химии была объединена с кафедрой фармакогнозии и ботаники (решением Ученого совета университета).