Материалы к защите диссертации: Замарин Антон Александрович

Информация о диссертации
Кандидатская диссертация
Замарин Антон Александрович
«ДЕТЕКЦИЯ И МОЛЕКУЛЯРНОЕ ТИПИРОВАНИЕ ИНТЕГРАТИВНЫХ КОНЪЮГАТИВНЫХ ЭЛЕМЕНТОВ СЕМЕЙСТВА SXT/R391 В ШТАММАХ VIBRIO CHOLERAE РАЗЛИЧНЫХ СЕРОГРУПП»
03.02.03 - Микробиология
медицинские науки
21.2.005.06
Волгоградский государственный медицинский университет
400131, Волгоград, пл.Павших Борцов, 1 ВолгГМУ
Предполагаемая дата защиты диссертации: 4 октября 2018 года
[Полный текст диссертации (1.5 Мбайт)] (Опубликован: 11 апреля 2018 года)
[Автореферат диссертации (419 кбайт)]
Дата публикации объявления 6 июля 2018 года
Отзывы на диссертацию *
Научный руководитель
И.Б.Захарова,заведующая лабораторией геномики и протеомики ФКУЗ ВолгНИПЧИР Роспотребнадзора
Скачать отзыв (1.2 Мбайт)
Опубликован: 11 апреля 2018 года
Официальный оппонент
Савельева И.В., врач-бактериолог научно-производственной лаборатории препаратов для диагностики ООИ и других инфекций ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, к.м.н.
Скачать отзыв (2.4 Мбайт)
Опубликован: 20 сентября 2018 года
Официальный оппонент
Монахова Е.В., ведущий научный сотрудник ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, д.б.н., с.н.с.
Скачать отзыв (1.7 Мбайт)
Опубликован: 20 сентября 2018 года
Ведущая организация
Миронова Л.В., д.м.н., зав.лабораторией холеры ФКУЗ Иркутский ордена Трудового Красного знамени научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
Скачать отзыв (1.9 Мбайт)
Опубликован: 20 сентября 2018 года
Отзыв на автореферат
Алексеева В.В.,зав.лабораторией клинической микробиологии ГУЗ КДП № 2, к.м.н., доцент
Скачать отзыв (1005 кбайт)
Опубликован: 1 октября 2018 года
Отзыв на автореферат
Девдариани З.Л., главный научный сотрудник ФКУЗ РОСНИПЧИ Микроб, д.м.н., профессор
Скачать отзыв (726 кбайт)
Опубликован: 1 октября 2018 года
Отзыв на автореферат
Тимошин В.Б., заведующий бактериологической лабораторией, к.м.н.
Скачать отзыв (2.7 Мбайт)
Опубликован: 1 октября 2018 года
Отзыв на автореферат
Тихонов С.Н., к.м.н., доцент, директор ФГКУЗ ПЧС Республики Крым Роспотребнадзора
Скачать отзыв (459 кбайт)
Опубликован: 1 октября 2018 года
* Убедительная просьба к лицам, присылающим в совет отзывы на автореферат и диссертацию, высылать текст отзыва в формате Adobe PDF на электронную почту совета: ladav52@mail.ru.

Решения диссертационного совета

ВЫПИСКА из протокола № 3 заседания Диссертационного совета Д 208.008.06

ФГБОУ ВО «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения РФ

от 29 июня 2018 года

Присутствовало: 17 членов Диссертационного Совета из 23, утвержденных ВАК РФ в составе Совета.

Слушали: заключение членов комиссии доктора медицинских наук, профессора Замараева В.С., доктора медицинских наук, профессора Яковлева А.Т.,  доктора медицинских наук, профессора Сливину Л.П. по рассмотрению диссертации Замарина Антона Александровича на тему: «Детекция и молекулярное типирование интегративных конъюгативных элементов семейства SXT/R391 в штаммах V. сholerae различных серогрупп», представленной на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 – Микробиология (заключение прилагается).

Постановили: 

  1. Принять к защите диссертацию Замарина Антона Александровича на тему: «Детекция и молекулярное типирование интегративных конъюгативных элементов семейства SXT/R391 в штаммах V. сholerae различных серогрупп», представленной на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 – Микробиология (заключение прилагается).
  2. Утвердить в качестве официальных оппонентов:

- кандидата медицинских наук, врfча-бактериолога научно-производственной лаборатории препаратов для диагностики особо опасных и других инфекций ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный  институт» Роспотребнадзора Савельеву И. В.;

         - доктора биологических наук, ведущего научного сотрудника лаборато- рии микробиологии холеры, ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследова -тельский противочумный институт» Роспотребнадзора  Монахову Е. В.

  1. Утвердить в качестве ведущей организации Федеральное казенное учреждение здравоохранения «ИРКУТСКИЙ ОРДЕНА ТРУДОВОГО КРАСНОГО ЗНАМЕНИНАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ПРОТИВОЧУМНЫЙ ИНСТИТУТ СИБИРИ И ДАЛЬНЕГО ВОСТОКА» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека .
  2. Разрешить печатание и рассылку автореферата диссертационной работы.
  3. Утвердить дату защиты 04 октября 2018 года. 

Председатель диссертационного совета д.м.н., профессор Клаучек С.В.
Ученый секретарь диссертационного совета д.с.н., профессор Ковалёва М.Д.

 

Протокол № 1 заседания диссертационного совета Д 208.008.06 от 04.10.2018г.

Состав диссертационного совета утвержден в количестве 23 человек. Присутствовали на заседании 19 человек.

Председатель: д.м.н.  Клаучек Сергей Всеволодович

Присутствовали: д.м.н.  Гавриков Леонид Константинович, д.м.н.  Губанова Екатерина Ивановна, д.м.н..  Клаучек Валентина Васильевна, д.м.н.  Замараев Валерий Семенович, д.м.н.  Давыденко Людмила Александровна, д.с.н.,к.м.н. Ковалева Марина Дмитриевна, д.м.н.  Липницкий Анатолий Васильевич,  д.м.н.  Латышевская Наталья Ивановна, д.м.н.  Попов Александр Сергеевич, д.м.н. Сливина Людмила Петровна, д. б.н., д.м.н. Елисеев Юрий Юрьевич,  д.м.н. Долецкий Алексей Николаевич, д.б.н.Солопов Игорь Николаевич, д.м.н.  Храпова Наталья Петровна, д.м.н.  Яковлев Анатолий Трофимович, д.м.н. Клаучек Сергей Всеволодович, д.м.н. Краюшкин Сергей Иванович, д.м.н. Викторов Дмитрий Викторович, д.м.н. Боташева Татьяна Леонидовна

Официальные оппоненты по диссертации:

- Монахова Е.В., ведущий научный сотрудник ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, д.б.н., с.н.с.

- Савельева И.В., врач-бактериолог научно-производственной лаборатории препаратов для диагностики ООИ и других инфекций ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора, к.м.н.

Ведущая организация: ФКУЗ «Иркутский ордена Трудового Красного знамени научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Слушали: Председателя диссертационного совета Д 208.008.06 Клаучека С.В., председателя счетной комиссии Долецкого А.Н.

Постановили: диссертация Замарина А.А. является законченной научно-квалификационной работой, что соответствует критериям, установленным п.9 «Положения о порядке присуждения ученых степеней...». Присудить Замарину А.А. ученую степень кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 Микробиология.

Результаты голосования: «за» - 19, «против» - 0, «недействительных» - 0.

Председатель совета  Клаучек Сергей Всеволодович

Ученый секретарь совета  Ковалева Марина Дмитриевна

 

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ДИССЕРТАЦИОННОГО СОВЕТА Д 208.008.06 на базе ГБОУ ВО «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации по диссертации на соискание учЁной степени кандидата наук

аттестационное дело   №________  решение диссертационного совета от 04.10.2018 г., № 1

О присуждении Замарину Антону Александровичу, гражданину Российской Федерации, учёной степени кандидата медицинских наук.

 Диссертация «Детекция и молекулярное типирование интегративных конъюгативных элементов семейства SXT/R391 в штаммах Vibrio cholerae различных серогрупп»  по специальности 03.02.03 - микробиология, принята к защите  29.06.2018 г., протокол № 3 диссертационным советом  Д 208.008.06 на базе  Государственного бюджетного образовательного учреждения  высшего образования (ГБОУ ВО) «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российский Федерации, 400131, г. Волгоград, пл. Павших борцов, 1, приказ № 937-591 от 16.05.2008, переутверждён 09.09.2009 г. № 1925-1358,  действующий на период действия номенклатуры специальностей научных работников.  

Соискатель Замарин Антон Александрович, 1979 года рождения. В 2003 году окончил Волгоградский государственный медицинский университет, работает в должности научного сотрудника лаборатории патогенных буркхольдерий Федерального казенного учреждения здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.

Диссертация выполнена в Федеральном казённом учреждении здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.

Научный руководитель: кандидат биологических наук, доцент, заведующий отделом микробиологического мониторинга особо опасных инфекций ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Захарова Ирина Борисовна.

Официальные оппоненты:

Монахова Елена Владимировна, доктор биологических наук, старший научный сотрудник, ведущий научный сотрудник ФКУЗ «Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.

Савельева Ирина Вилориевна, кандидат медицинских наук, врач-бактериолог ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека - дали положительные отзывы на диссертацию, критических замечаний не содержат.

Ведущая организация: ФКУЗ Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, г. Иркутск, в своём положительном  заключении, подписанном Мироновой Л.В., доктором медицинских наук, заведующей лабораторией холеры указала, что диссертация является законченной научно-квалификационной работой, направленной на изучение актуальной проблемы резистентности к антибактериальным препаратам у холерного вибриона, поиск и реализацию подходов к скринингу и типированию интегративных конъюгативных элементов, несущих детерминанты резистентности.

Соискатель имеет 22 опубликованные работы, в том числе по теме диссертации -  4 работы, 2 - в периодических изданиях из «Перечня ведущих рецензируемых научных журналов, рекомендованных ВАК Министерства образования и науки России». (Общий объём научных работ составляет 3,2 печатных листа).

Наиболее значимые научные работы по теме диссертации:

  1. Замарин, А.А. Характеристика интегративных конъюгативных элементов штаммов нехолерных вибрионов, выделенных на территории Волгоградской области / А.А. Замарин, И.Б. Захарова, М.В. Подшивалова, Ю.А. Кузютина, Н.Н. Тетерятникова, Я.А. Лопастейская, Д.В. Викторов, А.В. Топорков // Вестник Волгоградского государственного медицинского университета. – 2016. - № 2 (58). – С. 104-106 (журнал из перечня ВАК).
  2. Захарова, И.Б. Детекция и анализ интегративных конъюгативных элементов в штаммах Vibrio spp., выделенных на территории Волгоградской области / И.Б. Захарова, Ю.А. Кузютина, М.В. Подшивалова, А.А. Замарин, А.В. Топорков, Д.В. Викторов // Эпидемиология и инфекционные болезни. – 2016. - № 21(6). – С. 347-351 (журнал из перечня ВАК).

На диссертацию и автореферат поступили отзывы от: С. Н. Тихонова (директор ФГУЗ «ПЧС Республики Крым», к.м.н., доцент), В. Б. Тимошина (заведующий бактериологической лабораторией ФКУЗ «Северо-западная Противочумная станция», к.м.н.), З. Л. Девдариани (главный научный сотрудник ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб», д.м.н., профессор) и В. В. Алексеевой (заведующая лабораторией клинической микробиологии ГУЗ «КДП №2», к.м.н., доцент). Отзывы положительные. Критических замечаний в отзывах не содержится.

Выбор официальных оппонентов и ведущей организации обосновывается тем, что специалисты указанных организаций являются наиболее известными и признанными учёными данной отрасли медицины.

Заключение

 Диссертационный совет отмечает, что на основании выполненных соискателем исследований:

разработаны научно обоснованные способы обнаружения интегративных конъюгативных элементов в геномах возбудителя холеры и близкородственных вибоионов;

предложен алгоритм детекции детерминант резистентности к антибактериальным препаратам в составе интегративных конъюгативных элементов и типирования этих элементов на основе структурных особенностей вариабельной ДНК;

доказана высокая эффективность разработанных алгоритмов детекции и типирования интегративных конъюгативных элементов;

выявлено присутствие и быстрое распространение среди вибриофлоры региональных открытых водоемов интегративных конъюгативных элементов семейства SXT/R391;

показано, что около 50 % изолятов V. cholerae nonO1/nonO139 и близкородственных вибрионов из воды открытых водоемов в Волгоградской области, выделенных в 2013-2014 годах, содержат в своем геноме интегративные конъюгативные элементы семейства SXT/R391.

Теоретическая значимость исследования обоснована тем, что:

получены новые данные о наличии интегративных конъюгативных элементов в штаммах Vibrio choleraе различных серогрупп, выделенных на территории РФ;

применительно к проблематике диссертации впервые проведен скрининг штаммов Vibrio spp., выделенных на территории Волгоградской области, на наличие интегративных конъюгативных элементов.

изложены результаты анализа молекулярной структуры вариабельных последовательностей горячих точек HS3, HS5 и вариабельного региона VRIII ICE штаммов V. choleraе различных серогрупп, выделенных на территории РФ;

проведена комплексная лабораторная оценка наличия интегративных конъюгативных элементов у штаммов возбудителя холеры различного происхождения с определением типа элемента.

Значение полученных соискателем результатов исследования для практики подтверждается тем, что:

разработаны методические приемы и аналитические алгоритмы для паспортизации и углубленного изучения свойств штаммов холерных вибрионов различных серогрупп;

внедрены в государственную коллекцию патогенных бактерий ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора депонированные штаммы V. cholerae О1 El Tor (номер Государственной коллекции КМ 2025) и V. cholerae nonО1/nonО139 (номер Государственной коллекции КМ 2026), содержащие различные типы интегративных конъюгативных элементов;

создана методическая база для молекулярного типирования интегративных конъюгативных элементов штаммов возбудителя холеры.

Оценка достоверности результатов исследования выявила:

 результаты получены Замариным А. А. на зарегистрированном в установленном порядке и прошедшем метрологическую поверку оборудовании с использованием современных научных методов;

теория, лежащая в основе диссертационного исследования, построена на известных фактах о молекулярных механизмах, посредством которых реализуется резистентность возбудителей к лекарственным препаратам, о путях формирования множественной устойчивости к антибиотикам у V. choleraе, о масштабах и механизмах горизонтального переноса генов в природных популяциях;

идея базируется на анализе и обобщении данных, полученных отечественными и зарубежными учеными, о молекулярном анализе мобильных генетических элементов в плане разработки новых методов характеристики и молекулярного типирования штаммов возбудителя холеры;

использовано сравнение авторских данных и данных, полученных ранее по рассматриваемой тематике;

установлено качественное совпадение авторских результатов с результатами, представленными в независимых источниках по данной тематике;

использованы современные методики сбора и обработки информации.

Личный вклад соискателя состоит в самостоятельном выполнении исследования и получении научных результатов, изложенных в диссертации.

Диссертация охватывает основные вопросы поставленной научной задачи и соответствует критерию внутреннего единства, что подтверждается наличием последовательного плана исследования, основной идейной линии, концептуальности и взаимосвязи выводов.

Диссертационным советом сделан вывод о том, что диссертация представляет собой научно-квалификационную работу, соответствует критериям, установленным «Положением о порядке присуждения учёных степеней», утверждённым постановлением Правительства Российской Федерации от 24 сентября 2013 г. № 842, и принято решение присудить Замарину Антону Александровичу учёную степень кандидата медицинских наук. 

На заседании диссертационный совет принял решение присудить Замарину Антону Александровичу учёную степень кандидата медицинских наук. 

При проведении тайного голосования диссертационный совет в количестве 19 человек, из них 5 докторов наук по специальности 03.02.03 – Микробиология, участвовавших в заседании, из 23 человек, входящих в состав совета, проголосовали: «за» присуждение учёной степени – 19, «против» присуждения ученой степени – нет, недействительных бюллетеней - нет.

Председатель диссертационного совета Д 208.008.06, д.м.н., профессор Клаучек Сергей Всеволодович

Учёный секретарь диссертационного совета Д 208.008.06, д.с.н., профессор Ковалёва Марина Дмитриевна

04.10.2018 г.