Материалы к защите диссертации: Шунова Александра Владимировна

Информация о диссертации
Кандидатская диссертация
Шунова Александра Владимировна
«Молекулярная детекция и типирование хромосомных b-лактамаз возбудителей мелиоидоза и сапа»
03.02.03 - Микробиология
медицинские науки
21.2.005.06
Волгоградский государственный медицинский университет
400131, Волгоград, пл.Павших Борцов, 1 ВолгГМУ
Предполагаемая дата защиты диссертации: 23 декабря 2014 года
[Полный текст диссертации (1.8 Мбайт)] (Опубликован: 10 сентября 2014 года)
[Автореферат диссертации (696 кбайт)]
Дата публикации объявления 20 октября 2014 года
Объявление о защите опубликовано на сайте ВАК:
[Текст объявления] [Версия для печати]
Отзывы на диссертацию *
Научный руководитель
Д.В. Викторов, научный руководитель, доктор биологических наук, доцент, заведующий отделом биохимии и физиологии возбудителей ООИ ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора
Скачать отзыв (213 кбайт)
Опубликован: 10 сентября 2014 года
Официальный оппонент
Профессор кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии ГБОУ ВПО «Саратовский государственный медицинский университет им. В.И. Разумовского» Минздрава России, д.м.н., профессор Швиденко И.Г.
Скачать отзыв (3.9 Мбайт)
Опубликован: 12 декабря 2014 года
Официальный оппонент
ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» зав. отделом образовательных программ и подготовки специалистов, д.б.н., профессор Попов Ю.А.
Скачать отзыв (488 кбайт)
Опубликован: 12 декабря 2014 года
Ведущая организация
ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора
Скачать отзыв (234 кбайт)
Опубликован: 12 декабря 2014 года
Отзыв на автореферат
В.Б. Тимошин, заведующий бактериологической лабораторией Федерального казенного учреждения здравоохранения Северо-Западная противочумная станция Роспотребнадзора, к.м.н.
Скачать отзыв (2.6 Мбайт)
Опубликован: 16 декабря 2014 года
Отзыв на автореферат
А.Г. Рязанова, кандидат медицинских наук, заведующая лабораторией сибирской язвы ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора
Скачать отзыв (993 кбайт)
Опубликован: 16 декабря 2014 года
Отзыв на автореферат
Н.А. Осина, заведующая лабораторией молекулярной диагностики Федерального казенного учреждения здравоохранения Российский научно-исследовательский противочумный институт Микроб Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, кандидат биологических наук
Скачать отзыв (3.5 Мбайт)
Опубликован: 16 декабря 2014 года
* Убедительная просьба к лицам, присылающим в совет отзывы на автореферат и диссертацию, высылать текст отзыва в формате Adobe PDF на электронную почту совета: ladav52@mail.ru.

Решения диссертационного совета

ВЫПИСКА из протокола № 3  заседания Диссертационного совета Д 208.008.06 ГБОУ ВПО «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения РФ от 16 октября 2014 года

Присутствовало: 17 членов Диссертационного совета из 23, утвержденных ВАК РФ в составе Совета.

Слушали: заключение членов комиссии доктора медицинских наук профессора Яковлева Анатолия Трофимовича, доктора медицинских наук, профессора Крамаря Олега Григорьевича, доктора медицинских наук, профессора Солопова Игоря Николаевича, по рассмотрению диссертации Шуновой Александры Владимировны на тему: «Молекулярная детекция и типирование хромосомных b-лактамаз возбудителей мелиоидоза и сапа», представленной на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 – Микробиология (заключение прилагается).

Постановили: 

1. Принять к защите диссертацию Шуновой А.В. на тему: «Молекулярная детекция и типирование хромосомных b-лактамаз возбудителей мелиоидоза и сапа», представленной на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 – Микробиология

2. Утвердить в качестве официальных оппонентов:

- Швиденко Инну Григорьевну – доктора медицинских наук, профессора кафедры микробиологии Государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Саратовский государственный медицинский университет имени В.И. Разумовского» г. Саратов

- Попова Юрия Алексеевича – доктора медицинских наук, профессора, заведующего отделом образовательных программ и подготовки специалистов Федерального казённого учреждения здравоохранения Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, г. Саратов.

 Утвердить в качестве ведущей организации Федеральное казённое учреждение здравоохранения Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, г. Ростов-на-Дону.

4. Разрешить печатание и рассылку автореферата диссертационной работы.

5. Утвердить дату защиты 23 декабря 2014 года.

Председатель диссертационного совета д.м.н., профессор Клаучек С.В.
Ученый секретарь диссертационного совета д.с.н., профессор Ковалёва М.Д.

 

Решением диссертационного совета Д 208.008.06, созданном при ГБОУ ВПО Волгоградский государственный медицинский университет Минздрава России от 16.10.2014 года протокол № 3, принята к публичной защите диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук:

Шуновой Александры Владимировны на тему: «Молекулярная детекция и типирование хромосомных b-лактамаз возбудителей мелиоидоза и сапа», представленной на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 14.02.01 – Гигиена.

Научный руководитель: доктор биологических наук, доцент, заведующий отделом биохимии и физиологии возбудителей ООИ ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора, Дмитрий Викторович Викторов.

Официальные оппоненты: Швиденко Инна Григорьевна – доктор медицинских наук, профессор кафедры микробиологии Государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Саратовский государственный медицинский университет имени В. И. Разумовского» Министерства здравоохранения Российской Федерации; Попов Юрий Алексеевич – доктор медицинских наук, профессор, заведующий отделом образовательных программ и подготовки специалистов Федерального казённого учреждения здравоохранения Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора.

Ведущая организация: Федеральное казённое учреждение здравоохранения Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора.         Председатель диссертационного совета – д.м.н., проф. Клаучек Сергей Всеволодович.

Ученый секретарь диссертационного совета – д.с.н., проф. Ковалева Марина Дмитриевна.

Результаты публичной защиты  в диссертационном совете Д 208.008.06, созданном на базе ГБОУ ВПО ВолгГМУ Минздрава России (от 23.12.2014 г. протокол № 2) диссертации на соискание учёной степени кандидата медицинских наук Шуновой Александры Владимировны: «Молекулярная детекция и типирование хромосомных b-лактамаз возбудителей мелиоидоза и сапа» по специальности 14.02.01 – Гигиена.

Постановили: считать кандидатскую диссертацию Шуновой А.В. соответствующей требованиям  п. 9 «Положения о порядке присуждения ученых степеней», утвержденного Постановлением Правительства Российской Федерации от 24.09.2013 г. № 842, предъявляемым к диссертациям  на соискание ученой степени кандидата наук и присудить учёную степень кандидата медицинских наук. Решение принято тайным голосованием: за – 18, против –  нет, недействительных бюллетеней – нет.

            Список членов диссертационного совета Д 208.008.06, присутствовавших на заседании совета 23.12.2014 г.: д.м.н. Клаучек С.В. (председатель) 03.03.01; д.м.н. Крамарь В.С. (зам. председателя) 03.02.03; д.соц.н., к.м.н. Ковалева М.Д. (ученый секретарь) 14.02.01; д.м.н. Храпова Н.П. 03.02.03; д.м.н. Губанова Е.И. 14.02.01; д.м.н. Гавриков Л.К. 03.03.01; д.м.н. Давыденко Л.А. 14.02.01;       д.м.н. Елисеев Ю.Ю.  14.02.01;  д.м.н. Замараев В.С. 03.02.03; д.м.н. Клаучек В.В. 03.2.03; д.м.н. Краюшкин С.И. 03.03.01; д.м.н. Латышевская Н.И.14.02.01; д.м.н. Липницкий А.В. 03.02.03;  д.м.н. Шкодич П.Е. 14.02.01; д.м.н. Осадшая Л.Б. 03.03.01; д.м.н. Филатов Б.Н. 14.02.01;  д.м.н. Сливина Л.П. 14.02.01; д.б.н. Солопов И.Н..

 

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ДИССЕРТАЦИОННОГО СОВЕТА Д 208.008.06 на базе ГБОУ ВПО «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации по диссертации на соискание учёной степени кандидата наук решение диссертационного совета от 23.12.2014г., № 2

 

      О присуждении Шуновой Александра Владимировне, гражданке Российской Федерации, учёной степени кандидата медицинских наук.

      Диссертация «Молекулярная детекция и типирование хромосомных b-лактамаз возбудителей мелиоидоза и сапа»  по специальности 03.02.03 - микробиология, принята к защите  16.10.2014 г., протокол № 3 диссертационным советом  Д 208.008.06 на базе  Государственного бюджетного образовательного учреждения  высшего профессионального образования (ГБОУ ВПО) «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российский Федерации, 400131, г. Волгоград, пл. Павших борцов, 1, приказ № 2249-1468 от 11 ноября 2007 г.,  переутверждён 09.09.2009 г. № 1925-1352,  действующий на период действия номенклатуры специальностей научных работников.  

       Соискатель Шунова Александра Владимировна, 1984 года рождения.

В 2008 году окончила ГБОУ ВПО «Волгоградский государственный медицинский университет» Минздрава России, работает  в должности врача-бактериолога ФГБУ «Саратовский научно-исследовательский институт травматологии и ортопедии» Минздрава России.

          Диссертация выполнена в Федеральном казённом учреждении здравоохранения «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.

Научный руководитель: доктор биологических наук, доцент, заведующий отделом ФКУЗ «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Викторов Дмитрий Викторович.

Официальные оппоненты:

1. Швиденко Инна Григорьевна, доктор медицинских наук, профессор, профессор кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии ГБОУ ВПО «Саратовский государственный медицинский университет им. В.И. Разумовского» Минздрава России.                                                                          

2. Попов Юрий Алексеевич, доктор биологических наук, профессор,  заведующий отделом образовательных программ и подготовки специалистов

Федерального казённого учреждения здравоохранения «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека,

- дали положительные отзывы на диссертацию.

Ведущая организация: Федеральное казённое учреждение здравоохранения «Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, г. Ростов-на-Дону, в своём положительном  заключении, подписанном  заведующим лабораторией, доктором медицинских наук, старшим научным сотрудником Водопьяновым С.О. и заведующей лабораторией, кандидатом медицинских наук, старшим научным сотрудником Веркиной Л.М., указала, что  диссертация является законченной научно-квалификационной работой,  в которой содержится решение актуальной научной задачи направленной на детекцию, типирование, сравнительный анализ и экспресс-оценку спектра резистентности к антибиотикам β-лактамной группы коллекционных и мутантных штаммов B.pseudomallei, B.mallei, что имеет важное значение для микробиологии.

Соискатель имеет 11 опубликованных работ,  в том числе  по теме диссертации  -  11 работ,  опубликованных  в рецензируемых научных изданиях  3 статьи. Соискатель имеет два изобретения по теме диссертации. (Общий объём научных работ составляет  0,9 печатных листа).

Наиболее значимые научные работы по теме диссертации:

Тетерятникова Н.Н., Захарова И.Б., Подшивалова М.В., Романова (Шунова) А.В., Лопастейская Я.А., Викторов Д.В., Алексеев В.В. Молекулярная детекция интегронов класса 1 у Burkholderia pseudomallei // Проблемы особо опасных инфекций, вып.108, 2011. – с.46-49.

Романова (Шунова) А.В., Захарова И.Б., Замараев В.С., Викторов Д.В. Конструирование праймеров для детекции и типирования β-лактамаз патогенных видов рода Burkholderia // Проблемы особо опасных инфекций, 2012, 2(112) с.59-61.

Захарова И.Б., Романова (Шунова) А.В., Тетерятникова Н.Н., Замараев В.С., Викторов Д.В. Молекулярное типирование и анализ полиморфизма генов β-лактамаз патогенных видов Burkholderia // Вестник ВолгГМУ, 2012, 2(42) с.98-101.

На диссертацию и автореферат поступили отзывы от:   Рязановой Аллы Геннадьевны, кандидата медицинских наук, заведующей лабораторией сибирской язвы ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Осиной Натальи Александровны, кандидата биологических наук, заведующей лабораторией молекулярной диагностики Федерального казённого учреждения здравоохранения «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Отзывы положительные, подтверждают актуальность представленной работы, обоснованность полученных выводов, практическую и научно-теоретическую значимость результатов исследования. Критических замечаний в отзывах не содержится.  

Выбор официальных оппонентов и ведущей организации обосновывается тем, что специалисты указанных организаций являются наиболее известными и признанными учёными данной отрасли медицины.

                                                                  Заключение

 Диссертационный совет отмечает, что на основании, выполненных соискателем исследований:

разработаны научно обоснованные способы и алгоритм детекции и типирования хромосомных β-лактамаз возбудителей мелиоидоза и сапа. По материалам проведённых исследований получены 2 патента на изобретения: патент № 2413763 «Инсерционный мутант Burkholderia pseudomallei KM31 – модельный штамм для молекулярно-генетического анализа механизмов формирования множественной антибиотикорезистентности у патогенных буркхольдерий» (зарегистрирован в Госреестре изобретений РФ 10.03.2011) и патент № 2474614 «Олигонуклеотидные праймеры для детекции и типирования генов β-лактамаз патогенных буркхольдерий» (зарегистрирован в Госреестре изобретений РФ 10.02.2013);

предложен набор олигонуклеотидных праймеров для молекулярной детекции генов b-лактамаз различных молекулярных классов у B. pseudomallei и B. mallei;

доказана высокая эффективность подобранных комбинаций праймеров для детекции последовательностей генов b-лактамаз патогенных буркхольдерий в формате мультилокусной ПЦР;

введены методы детекции и типирования нуклеотидных полиморфизмов в генах b-лактамаз патогенных буркхольдерий с использованием технологии ПЦР реального времени и плавления ампликонов высокого разрешения (high resolution melting, HRM).

Теоретическая значимость исследования обоснована тем, что:

получены новые данные о распространённости детерминант b-лактамаз молекулярных классов A, B, D в геномах штаммов B. pseudomallei, B. mallei и родственных буркхольдерий;

применительно к проблематике диссертации  эффективно, с получением обладающих новизной результатов, проведена сравнительная характеристика нуклеотидных последовательностей генов хромосомных b-лактамаз патогенных буркхольдерий и их предполагаемых продуктов с использованием биоинформационного программного обеспечения;

изложена возможность применения высококразрешающего анализа кривых плавления амплифицированных фрагментов β-лактамаз молекулярных классов В и D для выявления аллельных детерминант в штаммах буркхольдерий и гетерологичных микроорганизмов;

раскрыты особенности выявления вероятных мутантных последовательностей генов β-лактамаз у штаммов с изменённой чувствительностью к препаратам β-лактамного ряда;

изучена возможность дифференциации видов буркхольдерий группы «pseudomallei» с помощью подобранных праймеров в полимеразной цепной реакции;

проведена комплексная лабораторная оценка наличия генов β-лактамаз патогенных буркхольдерий методом полимеразной цепной реакции с одновременным определением их принадлежности к молекулярным классам А, В и D.

Значение полученных соискателем результатов исследования для практики подтверждается тем, что:

разработаны:  «Олигонуклеотидные праймеры для детекции и типирования генов β-лактамаз патогенных буркхольдерий» (патент № 2474614, зарегистрирован в Госреестре изобретений РФ 10.02.2013), «Инсерционный мутант Burkholderia pseudomallei KM31 – модельный штамм для молекулярно-генетического анализа механизмов формирования множественной антибиотикорезистентности у патогенных буркхольдерий» (патент № 2413763, зарегистрирован в Госреестре изобретений РФ 10.03.2011);

внедрён набор сконструированных в ходе работы олигонуклеотидных праймеров для типирования, сравнительного анализа и экспресс-оценки спектра резистентности к антибиотикам b-лактамной группы коллекционных и мутантных штаммов B. mallei и B. pseudomallei в лабораториях Волгоградского научно-исследовательского противочумного института и в работе референс-центра по мониторингу за возбудителями сапа и мелиоидоза;

создана методическая база, использованная при подготовке проекта методических указаний «Порядок организации и проведения лабораторной диагностики сапа и мелиоидоза для лабораторий территориального, регионального и федерального уровней», планируемых к утверждению на федеральном уровне;

Оценка достоверности результатов исследования выявила:

результаты получены в работе при использовании набора сконструированных праймеров, экспериментальная оценка эффективности которых была проведена на образцах геномной ДНК штаммов возбудителей мелиоидоза и сапа, родственных видов буркхольдерий и некоторых гетерологичных видов микроорганизмов.  Все данные подвергнуты статистической обработке с помощью пакета прикладных программ «Statistica» v. 6.0;

теория построена на проверенных данных о наличии в геномах патогенных буркхольдерий генов b-лактамаз различных классов;

идея базируется на создании алгоритма детекции и типирования генов b-лактамаз возбудителей мелиоидоза и сапа;

 использованы авторские данные и данные, полученные ранее по рассматриваемой тематике;

установлено качественное совпадение  авторских результатов с результатами, представленными в независимых источниках по данной тематике;

использованы современные методики сбора и обработки исходной информации;

Личный вклад соискателя состоит в том, что исследование выполнено лично автором на всех этапах его проведения, соискатель принимал непосредственное участие в проведении подбора и конструирования олигонуклеотидных праймеров, при экспериментальной оценке их эффективности в полимеразной цепной реакции, в получении исходных данных, их обработке и интерпретации, а также в подготовке основных публикаций по выполненной работе.

Диссертация охватывает основные вопросы поставленной научной задачи и соответствует критерию внутреннего единства, что подтверждается наличием последовательного плана исследования, основной идейной линии, концептуальности и взаимосвязи выводов.

Диссертационным советом сделан вывод о том, что диссертация представляет собой научно-квалификационную работу, соответствует критериям, установленным п.9 «Положение о порядке присуждения учёных степеней», утверждённом постановлением Правительства Российской Федерации от 24 сентября 2013 г. № 842, и принято решение присудить Шуновой Александре Владимировне  учёную степень кандидата медицинских наук. 

При проведении тайного голосования диссертационный совет в количестве  18 человек, из них 5 докторов наук по специальности 03.02.03 – Микробиология, участвовавших в заседании, из 23 человек, входящих в состав совета, проголосовали: «за» присуждение учёной степени – 18, «против» присуждения ученой степени – нет,   недействительных бюллетеней - нет.

Председатель диссертационного совета  Д  208.008.06 Клаучек Сергей Всеволодович

Учёный секретарь диссертационного совета Д 208.008.06 Ковалёва Марина Дмитриевна

23.12.2014 г